一、装料、灭菌、接种：一般采用聚丙烯或低压高密度聚乙烯袋，长33-38cm，宽17cm。每袋含0.3-0.35kg物料，装载高度约占袋长的3/5。填充时应将材料压实，袋子边缘不得留有裂缝，材料表面应光滑，然后套上颈圈，用一个中间有一个洞的塑料薄膜和三层报纸密封起来。也可将袋口折两道，并用塑料绳直接捆绑袋子。
高压或大气压下的灭菌是例行的，冷却后接种。对于那些在袋口有颈圈的，一瓶菌种可以收到30到40袋。接种后，无菌和干燥的报纸应更换为湿报纸。在直接用绳子密封的培养袋中，应增加接种量，并在20-25袋中接种一瓶菌种。接种后，袋口只折叠一次，绳子不要绑得太紧，以免发芽。
二、菌丝培养：培养袋放置在22-24摄氏度，培养箱要求黑暗、干燥、通风。培养袋口向上，单层排出，袋与袋之间应有间隙。菌丝培养时，应保持温度，当温度较高时，应在中午进行通风。在适宜的温度下，菌丝在接种后2～3天开始萌发，接种后30～40天菌丝长满袋。接种后7～8天菌丝生长封闭后，用缝纫针在包袋结扎处打20个小孔通风。在培养过程中，应注意改变培养袋的位置，以加快菌丝的传播，促进每个培养袋中菌丝的均匀生长。此外，受细菌污染的培养袋应及时取出，并根据污染程度分别放置或销毁。
三、催蕾：当菌丝生长到培养物的9/10，材料表面的菌丝为雪白，分泌黄色液滴时，将培养袋移入培养棚室，垂直紧密排出，每排6-8袋，水平和垂直取决于菌丝长度。每排之间有30-40厘米的走道，便于管理和收割。一般来说，塑料温室可以垂直放置四排。排袋后，取下颈圈或解开绑绳，打开袋子开口，沿袋子周边向上拉袋子。确保袋壁笔直，防止“葫芦形”开袋。
催蕾期，培棚室温度控制在13～15℃之间，当环境温度偏高时，白天应关闭门窗，夜间加强通风，利用夜间低温降低棚室温度。11月下旬，如果气温偏高，可以抓紧时间把袋子搬到棚子里，在寒流到来时促进芽的生长。在气温较低的时候，白天要充分利用较高的温度，提高室温，晚上要关好门窗，防止气温下降。空气相对湿度应提高到80%至85%。可用喷雾器对着袋口喷雾补湿，至不积水为度，地面、架面都应喷湿。然后喷涂黑色薄膜或普通地膜2米宽并覆盖袋口，地膜不能损坏。
塑料膜悬挂在边缘层菌袋的外壁上，附着在菌袋的外壁上，为出菇创造了良好的小气候。催蕾时，喷洒水分，经常滋润地面和空间。通风应结合保湿、棚室内通风，每天2-3次，膜揭通风1次，以保持袋内一定量的新鲜空气。为防止风直接吹进袋内，应先打开门通风30分钟，然后揭膜通风20分钟。此外，还应保证一定的散射光或间歇可见光。一般情况下，经过6-10天的培养，料面会产生一层菇蕾。
四、低温育菇：为了获得符合商业要求的金针菇，菇蕾发生后，棚室的温度应进一步降低到8-12℃。低温可以抑制菇的生长速度，提高菇丛间的均匀性和分枝率。低温下培养的小菇组织致密，茎粗，能支撑菇体向上伸长。空气相对湿度应达到85%-90%。
膜式通风应每天清除一次，以保持菌袋内有足够的新鲜空气，促进菌帽的分化，避免“针状菇”的发生。为了防止菇体过早着色，需要遮光或弱光管理。低温栽培小蘑菇的标准是：没有伞，蘑菇盖不能成型，直径0.2-0.5厘米，柄部牢固，长度2-3厘米，菇丛高度相对一致，菇体色较浅。
五、伸长期的管理：伸长期管理的关键是将棚室的温度控制在11-15摄氏度，其次是保持高空气湿度。第三，增加袋中二氧化碳的浓度。这可以促进茎的快速伸长，抑制帽的生长。管理措施：首先，在寒冷的冬季，要注意保温，避免温度降到0摄氏度以下，晚上或早上不要通风。
此外，还要增加洒水次数，将栽培棚室空气相对湿度提高到90%-95%。喷水时，向地面喷水以减少空间喷水量。同时减少通风，防止开伞，每隔一天可以通风一次。收获前2至3天应停止通风，以减少喷水。
六、收获：当茎长出袋外，茎长18-20厘米时，应及时收获。早晚收获会影响金针菇的产量和品质。只有及时收获，才能获得高产优质的商品菇。优质商品菇的标准是：菌柄直立，脆嫩，色白，长18-20厘米；盖小，无伞。在棉籽壳上栽培的金针菇从接种到收获通常需要50到60天。
七、转潮管理：金针菇每次栽培可收获3-4潮菇，菇的产量主要集中在前两潮。转潮时间约为15天。退潮速度与退潮管理、品种等因素有关，尤其与环境温度有关。在蘑菇生产的温度范围内，高温快速转潮，低温缓慢转潮。
八、清料：在蘑菇生产后期，由于金针菇菌丝自身的自然衰退和病虫害的加重，以及气温的升高，生产几乎没有经济价值。在这个时候，我们应该清理和结束种植。清料是金针菇栽培的结束，及时清料有利于菇场的消毒、净化和菌糠培养物残渣的再利用。剩余的金针菇菌丝体含有较多的蛋白质和其他营养物质。将30%-50%的无公害金针菇菌丝体与新的培养材料混合后，可重新培养金针菇。也可用于草菇、平菇、鸡腿菇等栽培。
