由于玉米芯含糖高，因而在于菇生料栽培中易引起细菌性侵染性病害，在栽培中尤其要注意以下几点：
(1)一定要选择新鲜、无霉变的玉米芯，在装料以前要选择晴天，在太阳下暴晒2天以杀死培养料中杂菌。
(2)加大接种量，使平菇菌丝尽快占全料面，控制杂菌生长。
(3)由于微孔发菌使平菇菌丝、杂菌呼吸增强，使料温升高，极易引起培养袋烧菌，平菇菌丝活力减弱，杂菌优势增强，因而发菌气温偏高时，要单层摆放，定期检查料温。发菌温度偏低时，可摆放2～3层。
(4)平菇菌丝发好后入棚以前，栽培棚一定要预先消毒，以免引起杂菌污染。
(5)出菇管理阶段，棚内一定要控制好温度，加大通风，因为细菌(尤其是兼气性细菌)极易在高温、通风不良的环境中繁殖，使平菇染病。
(6)平菇采收要及时(最好八成熟)，以免平菇孢子携带杂菌感染其他没有生病的菌袋。
(7)采完一潮菇后，一定要及时清理料面，降低棚内温度，使平菇菌丝恢得生长，重新扭结出菇。
(8)出菇结束后，棚内杂物要及时清理干净，有污染的菌袋要挖坑埋掉或烧掉，盖棚塑料布要全部揭掉，晾棚以便明年再种。
