将要保存的灵芝菌种移接到培养基斜面上，在25度左右的恒温中培养7天左右，然后用液体石蜡封藏保存。石蜡要选化学性纯的，首先在121度下高压灭菌30-60分钟，连续灭菌2次，再用无菌吸管灌注到斜面上，液体石蜡以高出斜面尖端1厘米为宜，然后置于室内干燥处或冰箱中保存，用石蜡封闭，隔绝了菌丝与空气接触，防止水分蒸发，菌株新陈代谢减缓，菌种保存时间延长，一般可保存5年以上，但以l.2年移植一次为好。
需用菌种时，从试管中抽取菌丝移植到培养基斜面上进行活化培养，即可作菌种用。
保存过程中要注意几点：
1.为防止封闭石蜡后灵芝菌丝再生长，应适当延长菌丝的培养时间。
2.倒入的石蜡不能低于斜面尖端，否则液体石蜡挥发快，斜面培养基易干涸。
3.石蜡灭菌要彻底，否则菌种易感染杂菌。
4.定期检查棉塞是否污染，培养基是否露出石蜡液面，如露出液面，要及时灌注无菌石蜡。
5.菌种必须垂直放置，否则棉塞易受污染。
