食用菌栽培不仅把废料开发利用，还能通过与其他生物的交替作用，形成多层次生产的生物循环系统。在消耗较少自然能的条件下最大限度地生产物质财富，提高生产效益的同时也提高了生态效益，食用菌生产在这一循环中担负着极重要的角色。现根据不同的条件，设计各种合理的生产结构。
1. 早稻田套种草菇：广东珠江三角洲地区，早稻生长至灌浆即排水晒田后期，在禾田的大行，原来预留的、约80公分宽、东西走向，用稻草种草菇。早稻收割后草菇继续生长采收，直至晚稻办田前7天结束草菇生产。草菇渣直接回田，增加晚造有机肥。实行稻菇稻生产，增加经济效益，充分利用地力。
2. 甘蔗地套种草菇：4月气温开始回升，蔗苗生长，在工作行间用稻草种香菇，直至蔗苗封行，结束草菇生产。蔗苗第一次培土就把收菇后菇渣拌土埋入蔗基，增加有机肥。
3. 花生、草菇、蔬菜轮作：种植早造花生后，种植一造大田稻草草菇，收菇后利用菇渣作基肥，种植秋季蔬菜。同一土地多种作物轮作，改善土壤环境，减少病虫害，使每种作物都处在较好环境中生长发育而获得高产。
4. 晚稻收割后种大田蘑菇、平菇：采用塑料薄膜大畦复盖方式栽培。一些阳光充足的地区、搭简易棚遮阴，也能得到很好的经济效益。
5. 荔枝园培育袋栽香菇：7月开始育种，8月接种菇棒，10月下旬可以把生长着的菇棒在荔枝园树下继续生长。1月开始收菇至4月。充分利用自然空间，增加经济效益。
